文山州農業科學院于1959年7月成立，是文山州人民政府直屬的一類公益性多學科的科研機構?？蒲薪ㄖ娣e8000多平方米，固定科研試驗基地252畝。設有院機關科室4個，即辦公室、組織人事科、科技管理科、計劃財務科；院屬專業技術研究所7個，即糧食作物研究所（加掛“文山州八寶米研究所”的牌子）、畜牧水產研究所、藥物生物技術研究所（加掛“文山州生物資源開發研究中心”的牌子）、蔬菜研究所（加掛“文山州丘北辣椒研究所”的牌子）、生態環境資源研究所、園藝作物研究所（加掛“文山州石漠化研究院”的牌子）、食品研究所。

全院現有在職職工89人，其中，博士6人（在讀2人），碩士46人，正高級技術職稱8人，副高級33人，省聘國家二級專業技術崗位專家3人，享受國務院特殊津貼3人，省委聯系專家4人，云南省學術技術帶頭人和技術創新人才9人，省萬人計劃1人，省貼、省突專家8人，“西部之光”訪問學者4人，云南省農業技術標兵1人，州科學技術杰出貢獻獎1人，州突出貢獻人才獎（興文人才獎）2人、七鄉學者3人，州科技領軍人才1人，產業領軍人才2人，州學術與科帶頭人和技術創新人才19人，聘請外籍專家3人。

“十三五”以來，共承擔涉及現代農業、生物醫藥、生態環境和食品加工等領域科研項目70多項，建立省級專家工作站3個、州級院士專家工作站17個，每年在海南、文山等地建立試驗基地15個以上400余畝。獲省人民政府頒發的科學技術發明三等獎1項，科技進步三等獎4項；發表科研論文103篇；申請國家發明專利28項，獲得授權14項；申請國家植物新品種權保護品種34個，獲得授權保護品種12個。通過國家級作物品種審定6個、品種登記7個，通過省級作物品種審定31個；轉化科技成果6項，轉化收益320萬元，選育作物新品種在云南、四川、貴州、重慶等地累計推廣面積達1400萬畝以上，為國家糧食安全和文山高質量跨越式發展提供了強力科技支撐。